全国治疗肛瘘比较好的三甲医院有海南省中医院，北京中西医结合医院，北京中医药大学东方医院，北京中医药大学东直门医院，中国中医科学院西苑医院等，肛瘘属于肛肠科，海南省中医院肛肠科疾病医疗设施齐全，在肛肠科疾病治疗方面有着丰富的经验；北京中西医结合医院肛肠科口碑很好，拥有完善的诊疗设施和医疗人员储备。
1.海南省中医院肛肠科
海南省中医院始建于1954年，是一所集医疗、科研、教学、预防、保健、康复于一体的综合性三级甲等中医医院，是广州中医药大学附属医院（非直属）。医院目前编制床位900张，实际开放床位665张。现有在册人员1037人，设有临床科室24个，医技科室10个,门诊部3个。医院人才荟萃，拥有一批包括国家特贴专家、全国名中医、全国老中医药专家、省优秀专家在内的中医药专家，有高级职称124人，中级职称191人，博士硕士96名。医院还“软”引进了包括国医大师石学敏院士在内的权威中医名家33名，极大地提升了医院的综合实力。
2.北京中西医结合医院肛肠科
北京市中西医结合医院始建于1952年，地处长安街沿线，西四环外200米，位于北京市海淀区永定路东街3号，原名北京市第二疗养院;1956年迁至现址，1959年7月改名为北京市永定路医院;1989年纳入全国第一批中西医结合医院，获批更名为北京市中西医结合医院;1994年，遵循国家中医药发展战略，医院与北京中医药大学实现合作，成为北京中医药大学附属中西医结合医院;1996年医院挂牌全国专科疾病北京中医药治疗中心;2011年启动了博士后工作流动站工作;2016年医院成为国家中医药管理局第三批重点中西医结合医院;2016年11月，通过三级中西医结合医院等级评审，实现了医院跨越式发展。
3.北京中医药大学东方医院肛肠科
东方医院筹建于1986年,现有国家卫计委临床重点专科中医建设项目6个，脑卒中筛查与防治基地、中医脑病科、心血管科、中医妇科、肺病科、脾胃病科、护理学部;国家中医药管理局重点专科项目14个，分别是脑病科、周围血管科、肾病科、心血管科、妇科、眼科、肺病科、脾胃病科、儿科、皮肤科、耳鼻喉科、肿瘤科、护理学、预防保健科(治未病中心);有北京市中医特色诊疗中心10个、基地2个。
4.北京中医药大学东直门医院肛肠科
东直门医院是一所集医疗、教学、科研于一体的大型综合性三级甲等中医医院，是国家中医临床研究基地，是国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构，是世界卫生组织中医适宜技术项目培训基地，是国家住院医师规范化培训示范基地，是首批全国示范中医院、北京市医疗保险定点医院，是国家级中医学实验教学示范中心，是教育部大学生校外实践教育基地。
5.中国中医科学院西苑医院肛肠科
中国中医科学院西苑医院（简称“西苑医院”）创建于1955年12月，是新中国成立后由中央人民政府建设的第一所大型中医医院。经过60多年的发展，现已成为一所中医特色突出，诊疗优势明显，在国内国际具有较大影响力，集医疗、科研、教学、保健为一体的三级甲等综合性中医医院。
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